Variant Omicron : son génome livre les premières informations

Encore inconnu au début du mois de novembre, le variant Omicron concentre l'attention des scientifiques qui étudient d'arrache-pied sa génétique pour y déceler de potentiels indices sur sa contagiosité et sa sévérité. 
 
Le variant Omicron cristallise les angoisses d'une épidémie qui n'en finit pas, toujours relancée par l'émergence d'un nouveau candidat au trône du variant majoritaire. Depuis sa classification comme variant préoccupant par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) le 26 novembre 2021, une centaine de séquences génétiques du variant Omicron a été partagée par la communauté scientifique. Ces séquences sont décortiquées dans tous les sens pour essayer d'anticiper le comportement d'Omicron, sa contagiosité et sa sévérité. Les premières publications scientifiques, issues de ce travail, commencent à paraître. L'équipe en charge des pathogènes et de la biosécurité du Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology a publié un rapport détaillé sur les mutations du variant Omicron et quelques indices sur ses liens de parentés avec les autres variants.

Omicron, roi des mutations

Comparé à la séquence de référence du SARS-CoV-2, le variant Omicron comporte 44 substitutions d'acides aminés, 6 délétions et une insertion. La protéine S rassemble 29 de ces substitutions, 3 délétions et une insertion. La moitié de ces mutations concerne le receptor binding domain (RBD) qui interagit avec le récepteur ACE2. L'analyse des précédents variants suggère que les mutations du RBD modifient significativement le comportement du coronavirus. Plus précisément, neuf acides aminés semblent accroître les liens entre la protéine S et le récepteur ACE2, et donc sa capacité à infecter les cellules. Le variant Omicron est muté sur quatre d'entre eux : K417N, Q493R, N501Y, et Y505H. La mutation N501Y, observée chez d'autres variants, augmente d'un facteur 9 l'affinité de la protéine S pour ACE2. Combinées, ces mutations laissent penser que le variant Omicron est particulièrement transmissible.

Les autres mutations situées en amont ou en aval du RBD pourraient aussi participer au succès épidémiologique du variant Omicron. Des modifications à proximité du site de coupure des deux sous-unités de la protéine S pourraient renforcer sa résistance aux anticorps neutralisants. La substitution N679K, une des trois identifiées, n'a jamais été observée ailleurs. Au-delà de la protéine S, deux mutations dans la nucléocaspide, la coque protectrice du génome du virus, sont aussi présentes. Elles sont connues pour amplifier la réplication de l'ARN viral et, in fine, la charge virale. « Par conséquent, le variant Omicron a le potentiel de déclencher un nouveau pic épidémique mondial » écrivent les scientifiques du Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology. 

Comparaison de la séquence de la protéine S du variant Omicron avec les autres. Les traits orange symbolisent la localisation d'une mutation. © Si Qin et al., Zoonoses 

Un devenir encore incertain

Les scientifiques suggèrent que le variant Omicron est taillé pour se propager vite plutôt que pour causer des symptômes graves. Cela reste à confirmer. Les personnes infectées par Omicron ont développé des formes légères de la Covid-19, mais elles sont pour la plupart jeunes et en bonne santé. Les origines du variant Omicron restent nébuleuses, les premières analyses phylogénétiques semblent plutôt le rapprocher du variant Alpha plutôt que du variant Delta, pourtant majoritaire lors de son émergence. Sur le papier, le variant Omicron a tous les atouts pour devenir un variant majoritaire. La capacité des vaccins à freiner sa diffusion reste à déterminer, mais les gestes barrières élémentaires comme le port du masque, l'aération des lieux clos et le lavage des mains sont toujours d'actualité.